鹿計是一名公務員的年輕男子，卻被調到一個特殊的處所，特民處的分處擔任文書專員，在分處裡，鹿計發現這世界上除了人類以外，還有另一種有智慧能夠思考的生命──妖怪，他雖然是學習生態相關的科系，卻沒想到接下來要處理人類與妖怪的紛爭，面對擁有強大異能的人形妖怪：文龜大人，鹿計在一場與文龜的打鬥中，差點把自己的命都搞丟了。

鹿計在生命危險中，發現自己竟然擁有了與妖怪相同的異能，他開始懷疑，自己來到特民處的原因，似乎不若表面單純，鹿計開始追尋在自己生命中缺席的那個人的下落，也就是他的父親。但特民處的又接到危險任務，在草漯沙漠出現狂風，而當地聽說有兩隻妖怪，名為碧龍與赤虯，鹿計與同事林諧平前往調查，卻發現狂風的源頭，是因為碧龍與當地的人類女子相戀……

鹿計看著自己唯一擁有的父親照片，聯想到自己頂頭上司特民處處長，毛杏嚴。他找上毛杏嚴，卻得不到答案，而此時特民處又接獲通報，有人看見幻象，認為自己死去多年的妻子死而復生，而根據特民處的紀錄，這是一種名為墓坑鳥的妖怪所為，但這隻妖怪是鹿計同事秦嘉薇的好友，特民處內對於墓坑鳥的處置產生了分歧。

特民處總部內開始推動妖怪列管專案，這個專案需要各處的處長簽名，但毛杏嚴堅決不同意，部長白淳看他不順眼，打算將他弄走……鹿計追尋父親的下落，找到了一名當年報導過父親縱火案件的老記者，但沒想到在他拜訪老記者時，老記者的太太卻忽然發病，鹿計與救護人員甚至來不及將她送到醫院，老記者的太太就化為蝴蝶，鹿計察覺這是一樁關於妖怪瘧鬼的案件，他遵從毛杏嚴的指示留下眾人，但救護車司機卻重傷瀕死，而且前來支援的林諧平與瘧鬼有殺母之仇……

毛杏嚴因為隱瞞瘧鬼的事件被開除，白淳暫代了分處處長的位置。 鹿計從老記者處得知，自己父親的妖怪身分，且當年就是被特民總部帶走，鹿計確定了自己是妖怪與人類生下的孩子，他內心憂慮自己是不是也有可能跟父親一樣，不被人類社會所接受，他開始常往山上跑，但在山上他遇見了一隻受傷的妖怪火麒麟，這隻妖怪沒有人形，但在與鹿計的多次接觸之後，牠竟化身為人類，還是個女孩子，她跟著鹿計下山，拿她沒辦法的鹿計只好帶她體驗人類的生活，但妖怪不懂人類的規則，在衝突中傷害了人類，引來特民處的注意，鹿計還把她藏在分處裡，火麒麟的處境越來越危險……

暫代分處處長的白淳，在處理妖怪大雷蟄的事件時，無意間說出二十年前毛杏嚴也曾對妖怪很惡劣的事情，讓鹿計聯想到自己的父親也是於二十年前被特民總部逮捕，他試圖詢問白淳，卻反而引起白淳的疑心，開始懷疑鹿計的身分，鹿計雖然在同伴的掩護下，完成了大雷蟄託付的案子，但他與大雷蟄的兒子說話時，卻被白淳的手下發現，證實了鹿計的妖怪身分。

得知鹿計的妖怪身分，白淳並沒有立刻揭發，反而以此做為要脅，強迫毛杏嚴回到分處，接下運送妖怪地牛的任務，毛杏嚴與分處的夥伴們沒有選擇，只好開始計畫，將居住在西部的地牛，送至東部新家，但因為地牛只要有強烈的情緒波動，就會引發大地震，因此大家嚴陣以待。只是他們不知道，這其實是一場陰謀，白淳準備在東部接收地牛之後，殺掉這隻阻礙財團發展的妖怪。

因為運送過程，趙魯桂的死，而讓地牛傷心大哭，引起全島大地震，毛杏嚴不得已殺了地牛，他的舉動讓鹿計無法諒解，白淳也已此作為原因逮捕毛杏嚴，鹿計此時更知道了毛杏嚴的秘密，當年殺害他父親的人，就是毛杏嚴，而灰心離開特民處，想到山上過清靜的生活，但白淳派出的手下卻惹怒鹿計，鹿計認為一昧的逃避無法解決問題，他打算將特民總部連根拔起，徹底摧毀這個以守護妖怪為名，實則迫害妖怪的人類機構！

他準備大開殺戒，徹底拋棄自己人性的一面……